El Colegio San José es un colegio católico, fundado en 1898 y dirigido por la Compañía de Jesús. Está ubicado en Arequipa, Perú. Es parte de la Asociación de Colegios Jesuitas de Perú (ACSIP) y de la Federación Latinoamericana de Colegios Jesuitas, FLACSI.
El primer colegio jesuita se fundó en Arequipa en 1578 y se denominó Colegio de Santiago. La oposición del Virrey Francisco Álvarez de Toledo evitó que operase hasta 1581, luego de que el Virrey se marchara del Perú. El colegio fue cerrado tras la expulsión de los jesuitas del Perú decretada por el rey de España Carlos III. En 1898 los padres Ildefonso del Olmo, Plácido Hurtado y el Hermano A. Agote reabrieron el Colegio esta vez con el nombre de San José y ubicado en la calle Santa Marta. En 1956 el colegio se trasladó a su local actual en la Avenida Alfonso Ugarte.